药物反应数据库平台开发文献综述

 2022-12-25 12:36:15

一、文献综述

化学是一门实验性的科学,积累了大量的文献和数据,这些文献和数据具有巨大的参考价值,由于计算机网络技术的飞速发展,越来越多的化学工作者利用计算机技术构造、处理化学信息,各种化学信息的处理与查询变得越来越便利[[1]]。通过筛选文献、提炼数据进而构建一个专门用于药学和化学领域研究的数据库,已经成为解决药学和化学研究问题的一种快速高效的方法。

现有的化合物反应数据库收录的文献类型、范围各有侧重,质量参差不齐。目前国外主要的化学反应数据库有SciFinder、Reaxys和ISI-Chemistry等。SciFinder的检索功能更专业,检出结果后处理手段更强大,提供物质的物化数据更全面,其收录文献以期刊与专利居多,时效性更强[[2]]。化学物质检索中,SciFinder及Reaxys各有千秋, SciFinder中物质的CAS RN检索途径为物质检索提供全面保障;化学反应检索中,Reaxys平台的Marvin JS结构编辑器能够为化学反应检索提供更多的限定条件, 检索效果更好[[3]]。而ISI-Chemistry则提供书目信息检索和化学物质检索功能[[4]],但这三款数据库都需要付费才能获得永久使用权,并且数据的后处理复杂,新手使用不方便。国内的化学反应数据库中,上海有机所化学专业数据库系统的化学反应数据库是一款免费开放的软件,仅需注册便可使用[[5]],但其网站形式老旧,查询结果杂乱,用户体验效果差。

本课题针对国外的发展状况和国内数据库的各种问题,提出构建一个拥有人性化界面、免费开放的化学反应数据库应用平台,并基于化合物的名称和结构检索,实现查询其合成路线、反应条件和参考文献的功能,同时提供批量下载功能,更好的服务于广大科学研究人员和化学爱好者,推动国内药学和化学领域更好更快的发展。

二、技术路线

  1. 数据的采集与整理
  2. 平台及数据库系统的选择

为了方便操作,网站基于Windows平台,以Apache作为网站的Web服务器,以关系型数据库管理系统MySQL数据库作为整个网站的后台数据库。MySQL数据库在应用时, 由于对目标数据进行了分割式存储, 不但增强了数据访问的灵活性, 而且提高了数据访问的效率[[6]],另外具有的开源、简单、易用等特点,成为本课题选用数据库的首要选择。

  1. 框架模型的选择及搭建

本课题开发过程中,采用模型(Model)、视图(View)和控制(Controller)即MVC模式进行整体网站构架的设计。MVC构架模式首先可以通过控制器来进行模型的更改来形成新的模型。然后再通过这种新形成的模型进行状态查询, 将查询的结果传递给下一个部分-视图, 从而通过视图的功能使用户进行相应的操作, 从而完成MVC架构模式的整个工作过程。MVC架构模型是一个具有双向反馈功能的信息流动程序, 在控制器对模型进行操作的同时, 控制器也在对视图的种类进行相应的选择, 视图再将形成的最后的结果传递给模型[[7]]。MVC架构与Java开发的结合,将会从整体上提高应用平台的运作水平。

  1. 后端核心技术采用Java语言编程

Java编程语言具有高效、安全、可移植、通用等优点,并且还可以允许多个不同程序一起运行,支持多个线程的并行操作功能,使多个线程可以一起工作[[8]]。使用简单方便,已成为Web开发的主流语言之一。

  1. 前端核心技术采用HTML、CSS、Bootstrap、JavaScript等

作为主流的Web前端开发语言,Bootstrap等具有强大的样式功能和动态效果,适用于网站开发。

三、主要研究内容

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