1.文献综述
1.1 杨生褐盘二孢菌研究概况
杨树黑斑病（杨树褐斑病）是杨树常见的一种叶部病害，使得感病杨树提前落叶和光合作用速率下降，进而影响树木生长和营养储备[1]。该病害主要发生部位是杨树叶片和叶柄，有时也为嫩梢、蒴果和果穗柄。
杨生褐盘二孢菌（Marssonina brunnea）是杨树黑斑病的主要病原菌之一，属半知菌亚门（Deuteromycotina）、腔孢纲（Coelomycetes）、黑盘菌目（Melanconiales）、盘二孢属（Marssonina）。杨生褐盘二孢菌(M. brunnea)在我国的分布范围很广，除了新疆以外的大多数杨树栽培区均有发现[2]。另外，该病原菌在欧洲、美洲、大洋洲以及亚洲都有发现。
2004年，曾燕如等构建两个杨树黑斑病的cDNA文库[3]。2005年，张新叶进行杨树抗黑斑病相关基因表达谱分析[4]。2006年，美国能源部下属联合基因组中心构建第一个木本植物的基因组，杨树（毛果杨）的基因组[5]。2008年，袁坤等（Yuan et al）在蛋白质水平研究杨树与杨生褐盘二孢菌的互作关系[6]。2010年，程强（Cheng et al）等在缺少参考基因组信息的条件下，利用肽段序列信息获得杨生褐盘二孢菌的15个分泌蛋白的基因序列[7]。2012年，朱嵊等（Zhu et al）构建出52 Mb杨生褐盘二孢菌参考基因组[8]。
1.2 二代高通量测序平台
二代高通量测序技术是核苷测序技术发展历程的一个里程碑，它为现代分子生物学研究提供了一种有利的研究手段，并创造许多机遇。该技术可以对数百万个DNA分子进行同时测序，这使我们能够对一个物种的转录组和基因组进行全方位而细致的研究分析。因此，也将其称为深度测序(Deep sequencing) 或下一代测序技术(Next generation sequencing，NGS) [9]。
相比于传统Sanger测序技术，二代高通量测序技术具有周期短、准确性高及成本低等优点，目前已广泛应用到了分子生物学研究的各个领域中。例如，利用二代高通量测序技术对生物样品细胞内的所有mRNA进行测序，就可以获得该物种的大量高精度的转录组序列信息。
目前，存在三种常见的二代高通量测序平台：Roche 454、SOLiD和Illumina。虽然Roche 454测序平台产生的Reads序列较长，但是单次测序产生的数据量较低，且该测序平台的测序成本较高。尽管SOLiD测序平台具有比Roche 454平台更大的的测序通量和更低的测序成本等优点，但是该平台采用的双色球测序技术使得其产生的Reads数据分析比较繁琐。相比与Roche454和SOLiD测序平台，Illumina测序平台具有较高的测序数据通量、相对较低的测序成本和相对简单的Reads数据分析。因而，Illumina测序平台在生物学研究领域的应用也相对更广泛一些。目前利用Illumina进行高通量测序可以在较短的时间内获取大量的数据，并对结果数据进行处理和分析。高通量测序技术的发展，使我们能在短时间内测定大量物种的核酸序列，对某个菌种，我们可以测定上百株细菌的基因组序列，这就为我们进行基于全基因组信息的分类标准建立奠定了良好基础[10]。
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