一、研究背景蛋白质的二级结构是指多肽链的主链骨架中若干肽单位,各自沿一定的轴盘旋或折叠,并以氢键为主要次级键而形成有规则的构象。
二级结构又分为规则的、部分规则的以及不规则的二级结构。
规则的二级结构分为alpha;-螺旋和beta;-折叠,部分规则的二级结构分为转角和环形,不规则的二级结构为无规线团。
转角的分类:delta;-转角:是最小的转角,它只包含2个连续的氨基酸残基,一个delta;-转角的内部骨架的第i个残基的羰基CO(i)和第i 1个残基的氨基NH(i 1)之间形成氢键。
gamma; -转角:是转角中第二小的转角,它的含量在转角中居第二位,它包含3个连续的氨基酸残基,并在第i个残基的羰基CO(i)和第i 2个残基的氨基NH(i 2)之间形成氢键。
gamma; -转角有两种类型,即Classic型和Inverse型。
beta;-转角:是最常见的数量最大的转角,占残基总数的25%,是蛋白质二级结构中非常重要的类型之一。
一个beta;-转角包含4 个连续的氨基酸残基,在第i个残基的羰基和第i 3个残基的氨基之间形成稳定的氢键,且第i个残基alpha;碳原子和第i 3个残基碳原子之间的距离小于7。
[1,2] 。
目前普遍接受的分类规则是由 Hutchinson 和 Thornton[2]提出的,包含 I,II,VIII,I,II,VIa1,VIa2,Vib,和IV类,其中VIa1,VIa2 和 VIb 类的第 i 2 个残基必为脯氨酸.[7-11]由于beta;-转角第i个残基和第i 3 个残基之间存在一对氢键,因此它附近的肽段有一定的稳定性,显示一定的刚性; 同时也因为只有这一对氢键,它附近的肽段在外来作用下,能在一定的限度内活动,又有柔性,这就是beta;-转角表现出的两重性。
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