研究问题：鉴于新冠病毒刺突蛋白与ACE2结合的特性，我们期望通过研究能够发现靶向新型冠状病毒刺突蛋白的小分子抑制剂，从而阻断其与ACE2的结合，而达到抵御病毒入侵人体的效果。
研究思路：本研究主要是通过计算化学的方法，从小分子库中筛选出目标小分子，再利用计算机模拟病毒与分子结合后的复合物构象变化，并计算其键能、结合能等各种物理化学参数，从而分析目标小分子作为新冠病毒刺突蛋白抑制剂的可行性。
研究过程：课题大致过程如下：1.从蛋白质数据库RCSB上查找合适的新冠病毒刺突蛋白，下载其pdb文件，分析蛋白的二硫键、晶体缺失情况以及HETATM，进行适当的处理后导入Maestro进行蛋白质修饰并寻找能量最小的构象；2.将备选小分子库中的700多个配体小分子导入Maestro，利用软件进行3D化后与刺突蛋白进行批量分子对接，筛选出目标小分子；3.取前三个筛选出来的小分子，分别对它们与新冠病毒刺突蛋白对接后的模型进行分子动力学分析，计算其键能、结合能等动力学数据；4.对三个对接模型的各项动力学数据进行分析，并在此基础上分析其作为新冠病毒刺突蛋白抑制剂的可行性。
文献综述：由新型冠状病毒COVID-19引起的新冠肺炎已成为大流行病。
该病毒已在全球传播，引起发烧、严重的呼吸系统疾病和肺炎等症状。
系统进化树分析表明该病毒与严重急性呼吸系统综合症冠状病毒（SARS-CoV）密切相关，但它似乎比SARS-CoV更容易在人与人之间传播。
迄今为止，仍没有明确的药品或疫苗可用于COVID-19。
COVID-19病毒属于beta;冠状病毒属，它包括五种感染人类的病原体，其中SARSCoV和中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）是两种高度致病性病毒。
与其他冠状病毒一样，COVID-19病毒表面的S糖蛋白同源三聚体在受体结合和病毒侵入过程中起着至关重要的作用。
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