- 麋鹿
麋鹿（Elaphurus davidianus）隶属哺乳纲，偶蹄目，鹿科，麋鹿属，为我国一级重点保护动物，被列为CITES附录Ⅰ保护物种。因其头脸似马，角似鹿，蹄似牛，尾似驴，麋鹿又得名“四不象”。麋鹿起源于我国黄河、长江中下游沿岸的沼泽地带，性好合群，善游泳，主要以禾本科植物、菊科植物、苔草类植物为食。因湿地面积减少及捕猎泛滥，至20世纪初仅有极少部分个体残存于我国。1900年，八国联军侵入北京，猎苑的麋鹿被洗劫，至此仅存的麋鹿从中国灭绝。值得庆幸的是，被引入至欧洲的麋鹿在他乡得以繁衍生息，残存于英国乌邦寺庄园内的18头麋鹿成为了现存麋鹿种群的奠基群体。1985年，在世界野生动物基金会的帮助下，英国政府无偿向我国提供22头麋鹿，归家的麋鹿被放养在北京南海子原皇家猎苑里。1986年，又有39头麋鹿从英国回到运抵江苏省大丰市，麋鹿重新回到它野生祖先最后栖息的沿海滩涂。在我国林业部门和环保部门的努力下，归家的麋鹿种群在我国重新繁衍壮大。截止目前，我国已在北京南海子鹿苑、江苏大丰、湖北石首以及其他五十多保护地建立了麋鹿种群，其中大丰保护区已将圈养麋鹿放归野外，成功建立了完全摆脱对人类依赖、可自我维持的麋鹿野生种群，结束了数百年来麋鹿无野生种群的历史。然而，由于保护地的面积和资源有限，迅速的壮大的鹿群给保护地的环境承载力造成巨大压力，与此同时，高密度的饲养模式为各种传染疾病的爆发提供极有力的条件，鹿群大规模死亡事件曾多次发生。 相关研究调查表明，肠道疾病是导致麋鹿大规模死亡的主要原因。
二、肠道微生物
动物肠道微生物是动物体第十大系统。动物的体内或体表存在着大量的正常微生物，每克肠道内容物中含超过100亿个细菌，它们大部分与机体细胞密切接触，交换能量物质，相互传递信息，微生物群系之间及微生物与动物体之间形成了相互依存、相互作用的不可分割的整体，微生物参与动物体的生长、发育、消化、吸收、营养、免疫、生物拮抗及其它各个方面的功能和结构的发生、发展和衰退的全过程。在胃和小肠中，只有粘膜上包含少量的菌种和一些传输过程带过来的菌。上呼吸道中的菌落数少是因为内腔媒介（酸、胆汁、胰液）的作用，他们杀死了大多数摄入的菌和胃肠蠕动无法使菌在内腔集群。相反，大肠中包含了复杂而有序的微生态系统，这个系统中存在着大量的细菌，这些菌在内腔中的浓度达到了每克内容物含 1011-1012 个细胞。这个浓度与实验室在最适条件下培养的浓度非常接近。排泄物的大部分都含有菌群（大约 60%的排泄物）。几百克的细菌定植在结肠内腔维持着宿主体内的稳定状态。在肠道中，不乏存在大量的已知或者未知的感染菌落，在复杂因素变化下会转化为常见疾病抗原体，例如宿主机体受到疾病困扰或者其他一些病理态的状态下，这些菌落就会“助纣为虐”。无论如何宿主与菌落共生都维持着机体健康稳定。识别微生物与机体的相互作用大有裨益。
三、16S rDNA基因
许多经典方法在肠道菌群研究方面一直沿用，但分子生物学技术的快速发展为肠道菌群研究提供了全新的方法和思维，现如今16S rDNA序列分析已经成为细菌种属鉴定和分类的标准方法。16S rDNA是细菌染色体上编码 rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌染色体基因中。16S rDNA是细菌的系统分类研究中最有用的和最常用的分子钟，其种类少，含量大（约占细菌DNA含量的80%），分子大小适中，存在于所有的生物中，其进化具有良好的时钟性质，在结构与功能上具有高度的保守性，素有“细菌化石”之称。在大多数原核生物中rDNA都具有多个拷贝，5S、16S、23S rDNA的拷贝数相同。16S rDNA由于大小适中，约1.5Kb左右，既能体现不同菌属之间的差异，又能利用测序技术较容易地得到其序列，故被细菌学家和分类学家接受。大约2500个种的16S rDNA全序列已经被报道, 根据它们的序列同源性, 已经构建了各种属的系统发育树。16S rDNA 序列总长度为 1 540 bp，含有 9 个高度可变区（V1-V9），且存在于所有细菌中，可用于细菌的种类鉴定和进化分析。 其中 V3 和 V6 序列差异最大，可用于大多数细菌的鉴定和分类。
四、本研究内容及意义
本研究将以大丰麋鹿保护区的野生和圈养麋鹿为研究对象，通过高通量测序技术获取麋鹿肠道菌种16S rDNA基因V4-V5序列信息，确定麋鹿肠道微生物的核心菌群，并比较不同饲养环境（包括：密度和食物）对麋鹿肠道微生物的影响，以期为麋鹿的肠道疾病防治、种群管理与保护提供理论依据。
五、参考文献
[1]白加德，张林源.中国麋鹿种群发展发展现状与研究进展.中国畜牧兽.2012.11.20.
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